Le prix Défi innovation a été créé en 2004 par le CRSNG et le Fonds de croissance canadien de la science et de la technologie (FCCST). Il est parrainé par la Banque de développement du Canada (BDC) et le CRSNG. Le prix vise à inciter les étudiants aux cycles supérieurs en sciences naturelles ou en génie à poser un regard neuf sur leurs travaux et à expliquer par écrit quel produit ou service pourrait découler de l'application des résultats de leurs recherches.