Le Conseil du CRSNG comprend un membres émérites choisis dans les secteurs privé et public et nommés par le gouvernement du Canada. Le président du CRSNG est le premier dirigeant du CRSNG. Le vice-président élu préside le Conseil du CRSNG et le Bureau du Conseil.
Le Bureau du Conseil exerce les fonctions du Conseil entre les réunions du Conseil et agit à titre de comité chargé de la gouvernance, des ressources humaines, de la gestion des risques et de la surveillance.
Les comités permanents et consultatifs du Conseil sont les suivants :
Les subventions et les bourses sont accordées à l’issue de concours qui reposent sur un processus d’évaluation par des pairs auquel participent des comités de sélection et des groupes d’évaluation formés de centaines de bénévoles.