De 2012 à 2018, le Prix de doctorat Gilles-Brassard du CRSNG pour la recherche interdisciplinaire a été décerné à un titulaire exceptionnel d’une bourse d’études supérieures du Canada Vanier qui incarnait parfaitement la recherche interdisciplinaire. La préférence était accordée à un candidat envisageant de poursuivre des études de doctorat à une université différente de celle où il avait obtenu son plus récent diplôme. Le prix, d’une valeur de 10 000 $, avait été créé en 2012 par Gilles Brassard, lauréat de la Médaille d’or Gerhard-Herzberg en sciences et en génie du Canada de 2009.