Créé en 2004, le Prix Défi innovation du CRSNG visait à encourager les étudiants aux cycles supérieurs en sciences naturelles ou en génie à développer leur esprit d’entreprise. Ce prix a aidé avec succès des étudiants entrepreneurs à atteindre leurs objectifs : une vingtaine d’entreprises issues de la recherche ont été établies; et plus de 80 % des lauréats ont affirmé que le Prix Défi innovation avait eu une incidence positive sur leur carrière. Étant donné qu’il existe de nombreux autres prix qui sont décernés aux entrepreneurs en herbe, le Prix Défi innovation du CRSNG n’est plus offert.