Appel de propositions pour l'initiative Frontières de la découverte : Avancement de la science des données volumineuses appliquée à la recherche en génomique

Renseignements importants

• Candidats invités à présenter une demande
• Foire aux questions

Description

Les subventions Frontières de la découverte (FD) appuient un nombre restreint de grands projets, activités ou occasions d’envergure internationale qui sont hautement prioritaires dans le contexte de la recherche de pointe au Canada. Ces projets, activités ou occasions seront menés par des équipes de chercheurs canadiens de calibre mondial et généreront des retombées considérables au profit du Canada.

Cette initiative vise à réunir des groupes de chercheurs de façon novatrice, afin de relever un défi de recherche important. Les équipes incorporeront des idées nouvelles et émergentes et conjugueront leur expertise complémentaire pour mener des travaux de recherche transformatrice qui apporteront un changement de paradigme.

De grandes quantités de données sont générées dans le cadre de la recherche en génomique¹ réalisée dans tous les secteurs des sciences de la vie. L’absence d’outils et de méthodes efficaces qui permettraient d’explorer efficacement de grandes quantités de données génomiques, d’y accéder rapidement, de les analyser avec efficience et de les harmoniser avec d’autres ensembles de données représente un défi de taille pour le milieu de la recherche.

Pour s’attaquer à ce problème mondial, le Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG), Génome Canada, les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC) et la Fondation canadienne pour l’innovation (FCI) collaboreront aux fins du présent appel de propositions pour les subventions FD de 2013, qui sera axé sur l’avancement de la science des données volumineuses appliquée à la recherche en génomique. Ces subventions appuieront l’élaboration d’outils et de méthodes pour harmoniser les ensembles de données complexes existants des sciences « omique », ainsi que pour les harmoniser avec les données phénotypiques et les données qui proviennent de domaines connexes des sciences biologiques. Les propositions doivent s’inscrire dans la continuité des investissements faits antérieurement et actuellement dans ces domaines, le plus récent étant le  concours en bio-informatique et en génématique lancé en juin 2012 par Génome Canada et les IRSC.

Objectif

L’appel de propositions de 2013 vise à appuyer la création d’une initiative majeure qui favorisera l’établissement de solides relations internationales et l’élaboration d’outils et de méthodes pour harmoniser les divers types de données des sciences « omique » (p. ex. génomique, protéomique, métabolomique) avec les données suivantes : 1) les données de ces sciences; 2) les données phénotypiques recueillies auprès de divers organismes d’étude; ou 3) les ensembles de données provenant de divers domaines ou disciplines scientifiques, notamment l’imagerie, l’ontologie, la sémantique, la biophysique, les sciences de l’environnement et l’évolution.

En fonction des travaux proposés, l’initiative réunira des experts d’une vaste gamme de disciplines, notamment l’informatique, le génie, les mathématiques, l’apprentissage automatique, la statistique, la génomique et les disciplines scientifiques pertinentes qui sont étudiées.

Ensemble, ces experts se concentreront sur l’exploration et l’élaboration de diverses méthodes et techniques informatiques et mathématiques, notamment la création d’algorithmes, les systèmes d’information, les technologies Web, l’intelligence artificielle, le génie logiciel, l’exploration de données, le traitement de l’image, la modélisation et la simulation. Ils doivent démontrer clairement qu’ils établiront des liens avec la communauté internationale, notamment par la participation de scientifiques étrangers à l’initiative, à des projets de collaboration internationale ou à des initiatives internationales pertinentes.

Les méthodes doivent mettre l’accent sur des initiatives audacieuses et sur la réflexion interdisciplinaire, susceptibles de donner lieu à des percées majeures et à des retombées dans une gamme de disciplines scientifiques.

Avantages

On s’attend à ce que le produit final de la subvention FD renforce le leadership et la capacité du Canada dans le domaine de la recherche en génomique et produise de précieuses connaissances qui seront diffusées de façon appropriée afin d’en maximiser les retombées. L’initiative offrira une possibilité de former du personnel hautement qualifié (PHQ) dans un contexte national et international ciblé et multidisciplinaire. Avant tout, l’initiative vise à créer une synergie avec les initiatives existantes de financement de la recherche en génomique à grande échelle, mais sans les répéter. Les résultats et les retombées des subventions FD devraient être transformateurs, et ne devraient pas uniquement être marginaux.

Toutes les demandes doivent décrire, preuves à l’appui, les livrables qui seront obtenus à la fin du projet et comprendre un plan qui explique comment ces livrables seront transférés, diffusés, utilisés ou appliqués au profit du milieu de la recherche. Bien qu’actuellement les méthodes élaborées pour l’analyse des données de la recherche en sciences biologiques soient basées sur le modèle des sources et de l’accès libres, les candidats peuvent proposer d’autres options pour la diffusion dans le milieu de la recherche et le développement en aval, pourvu que le plan de diffusion maximise l’adoption des outils et des méthodes par le milieu de la recherche. La préférence sera donnée aux demandes qui comportent un potentiel élevé en matière de retombées pour le milieu de la recherche ou d’adoption par le milieu de la recherche, peu importe le type du plan de diffusion proposé.

Les projets doivent avoir une stratégie pour le transfert des connaissances et de la technologie à tous les intervenants et au grand public, le cas échéant, qui respecte la Politique sur la propriété intellectuelle (PI) du CRSNG. Il n’est pas nécessaire de décrire cette stratégie en détail dans la demande, mais des renseignements précis pourraient être demandés au moment de l’octroi.

Fonds disponibles

Le CRSNG, Génome Canada, les IRSC et la FCI prévoient accorder une subvention FD dans le cadre du présent appel de propositions, qui se chiffrera à 1,5 million de dollars par année pendant quatre ans pour les coûts directs de la recherche, à laquelle s’ajoutera au besoin un montant de 1 million de dollars pour les coûts liés à l’infrastructure. Les équipes invitées à soumettre un demande complète seront admissibles à recevoir une subvention de développement (jusqu’à 25 000 $ par projet invité), jusqu’à concurrence de 200 000 $ pour ce concours. La contribution de chaque partenaire est présentée ci-dessous :

• CRSNG : jusqu’à 800 000 $ par année;
• Génome Canada : jusqu’à 500 000 $ par année;
• IRSC : jusqu’à 250 000 $ par année;
• FCI : un montant ponctuel maximal de 1 million de dollars pour les coûts liés à l’infrastructure, et un montant additionnel de 30 p. 100 pour les coûts admissibles de fonctionnement et d’entretien de l’infrastructure.

Utilisation des fonds

Les fonds fournis par chaque organisme doivent être utilisés pour les dépenses admissibles, qui sont définies dans les lignes directrices pertinentes. Pour le CRSNG et les IRSC, veuillez consulter la section Utilisation des subventions du Guide d’administration financière des trois organismes. Pour Génome Canada, veuillez consulter les  Lignes directrices sur le financement de projets de recherche. Pour la FCI, veuillez consulter le  Guide des politiques et des programmes de la FCI.

Lignes directrices supplémentaires

Les coûts suivants ne sont pas admissibles :

• les coûts associés à la production de nouvelles données;
• les salaires, les avantages sociaux et les coûts liés à la réalisation de travaux dans un aqualabo.

Infrastructure de calcul de haute performance

Il est possible de demander à la FCI des fonds pour l’infrastructure de calcul de haute performance (CHP), mais la FCI demande que cette infrastructure soit abritée et gérée par Calcul Canada si possible. Il faut donc consulter Calcul Canada avant de présenter la demande. En outre, il faudra indiquer, au moment de présenter la demande, s’il est possible d’avoir recours aux services de Calcul Canada pour l’initiative proposée. Pour ce faire, il est possible de présenter une lettre d’appui officielle rédigée par Calcul Canada.

Même si cette précision n’est pas requise à l’étape de la lettre d’intention, les candidats qui envisagent de présenter une demande pour l’infrastructure de CHP sont fortement encouragés à communiquer dès que possible avec Calcul Canada pour commencer les discussions.

Dans le contexte des présentes lignes directrices, l’infrastructure de CHP englobe tous les systèmes informatiques dont les capacités sont plus importantes ou plus puissantes que celles d’un ordinateur de bureau standard. Habituellement, une infrastructure de CHP comprend des systèmes ou des ressources, notamment :

• systèmes à haute capacité ou à haut débit;
• systèmes pour les applications parallèles nécessitant une communication à très haut débit;
• systèmes à mémoire partagée;
• systèmes offrant une très grande capacité de mémoire;
• stockage de haute performance;
• stockage à long terme;
• infonuagique;
• systèmes comportant des cartes accélératrices, y compris des cartes graphiques;
• systèmes de visualisation de haute performance;
• systèmes convenant au guidage informatique et à l’utilisation interactive.

Habituellement, ces systèmes coûtent plus de 50 000 $.

Dans chaque cas, l’expression CHP englobe les logiciels et l’environnement dont ont besoin les chercheurs d’une discipline donnée pour utiliser efficacement ce type d’infrastructure, ainsi que leurs besoins comme un niveau élevé de sécurité et d’intégrité pour les données.

Admissibilité

Pour qu’une demande soit admissible, le candidat et les cocandidats doivent satisfaire aux critères d’admissibilité du CRSNG, de Génome Canada et des IRSC, et doivent être affiliés à un établissement admissible à recevoir des fonds du CRSNG, de Génome Canada et des IRSC. Les candidats qui demandent des fonds pour une infrastructure doivent être affiliés à un établissement qui est admissible à recevoir des fonds de la FCI. On rappelle aux candidats que la FCI fournit des fonds pour une infrastructure de recherche à des établissements et non à des chercheurs ou à des équipes de chercheurs individuels. C’est pourquoi les candidats qui présentent une demande de financement de l’infrastructure doivent communiquer avec l’agent de liaison de la FCI de leur établissement avant de rédiger une lettre d’intention.

En plus de satisfaire aux critères d’admissibilité généraux des organismes de financement, les demandes doivent démontrer que le projet correspond aux objectifs de l’initiative Frontières de la découverte.

Présentation des demandes

Le CRSNG collaborera avec Génome Canada, les IRSC et la FCI tout au long du concours. Les candidats doivent demander des fonds au CRSNG. Le processus de demande comporte deux étapes : la présentation d’une lettre d’intention et la présentation de la demande.

En outre, les candidats peuvent demander à la FCI jusqu’à 1 million de dollars pour l’infrastructure. Il est à noter qu’il n’est pas nécessaire de demander des fonds d’infrastructure à la FCI pour présenter une demande au CRSNG. Cependant, les fonds pour l’infrastructure ne seront pas fournis indépendamment la demande présentée dans le cadre de l’initiative Frontières de la découverte.

Lettres d'intention

Contenu

Les candidats doivent d’abord présenter une lettre d’intention qui doit comprendre une page couverture (une page), une proposition de recherche (cinq pages au plus) et des renseignements biographiques sur l’équipe (deux pages au plus). Tous les documents doivent être conformes aux normes de présentation du CRSNG.

La page couverture doit comprendre les renseignements suivants :

• le titre du projet;
• une liste d’au plus dix mots clés;
• un budget approximatif pour les coûts directs de la recherche, selon l’année du projet;
• un budget approximatif pour l’infrastructure, le cas échéant;
• le nom, l’affiliation, le numéro de téléphone et l’adresse de courriel du candidat;
• la liste des cocandidats, leur affiliation et leur adresse de courriel.

La proposition de recherche devrait comprendre les renseignements suivants :

• une description des principaux défis et activités de recherche;
• une analyse de la participation prévue des collaborateurs, comme des chercheurs étrangers et des scientifiques du gouvernement, et de leur rôle;
• une analyse des résultats et des avantages prévus;
• une description des plans de formation de PHQ;
• un sommaire de haut niveau des principaux postes budgétaires et leur justification, notamment pour l’infrastructure.

Les renseignements biographiques doivent comprendre de courtes biographies du candidat et des cocandidats et en une description de leurs domaines d’expertise.

La lettre d’intention doit être enregistrée en un seul document PDF et téléversée dans le portail sécurisé du CRSNG avant la date limite.

Il est à noter que les renseignements concernant les propositions retenues après l’étape de la lettre d’intention seront affichés dans le site Web du CRSNG.

Examen des demandes et critères de sélection

Un comité international multidisciplinaire examinera les lettres d’intention. À l’étape de la lettre d’intention, le processus d’évaluation est axé sur le mérite de la proposition et vise à sélectionner les propositions qui cadrent le mieux avec les objectifs du programme et avec les critères de sélection des lettres d’intention. Les critères d’évaluation sont les suivants :

• le mérite de la proposition de recherche;
  • le caractère novateur de l’approche proposée;
  • la possibilité d’être transformatrice et d’avoir une grande incidence à l’échelle internationale;
  • la possibilité de créer de nouveaux domaines de recherche;
  • la possibilité de poursuivre ou de mener à bien des travaux réalisés dans ce domaine à l’échelle nationale et internationale;
  • la pertinence des méthodes et des approches (y compris la manipulation des données et des ressources) par rapport aux objectifs de recherche;
  • la faisabilité de la recherche compte tenu des ressources prévues et des échéances;
  • le degré d’harmonisation entre les disciplines et avec des collaborateurs étrangers;
  • la pertinence pour les utilisateurs finaux désignés, notamment la possibilité d’application en dehors du domaine de la génomique;
  • les résultats et avantages prévus pour l’ensemble du milieu;
• l’excellence des candidats et complémentarité de leur expertise;
• la possibilité d’offrir au PHQ une formation à valeur ajoutée.

Demandes

Contenu

Les candidats invités à présenter une demande recevront des instructions détaillées sur la façon de présenter la demande.

Examen des demandes et critères de sélection

Les demandes seront examinées dans le cadre d’un processus d’examen par les pairs rigoureux et indépendant qui sera réalisé par un comité multidisciplinaire international. Cet examen évaluera l’admissibilité et le mérite de la proposition de recherche, ainsi que les avantages éventuels qu’en tirera le milieu de la recherche et vérifiera si la mise en œuvre de saines pratiques financières et gestionnaires est prévue. Pour recevoir des fonds, les candidats doivent faire preuve d’excellence, selon les normes internationales les plus élevées, en ce qui a trait aux critères d’examen, afin que le financement soit accordé aux plus méritoires.

Les demandes seront examinées en fonction des critères suivants. Il est à noter que la description qui suit les critères ci–dessous n’est pas exhaustive.

Proposition de recherche

• Contexte et originalité de la recherche
  • Dans quelle mesure la recherche proposée devance-t-elle, prolonge-t-elle ou complète-t-elle la recherche réalisée dans ce domaine à l’échelle nationale et internationale?
  • Dans quelle mesure la recherche proposée témoigne-t-elle d’une pensée créatrice et originale?
  • Dans quelle mesure la recherche proposée est-elle pertinente pour les utilisateurs finaux désignés?
  • Dans quelle mesure les outils ou méthodes proposés augmentent-ils la productivité de la recherche en génomique?
  • Dans quelle mesure la recherche proposée aura-t-elle une incidence au-delà du domaine de la recherche en génomique?

• Plans de recherche
  • Dans quelle mesure les méthodes et les approches (y compris la manipulation des données et des ressources) sont-elles pertinentes pour les objectifs de recherche?
  • Dans quelle mesure la recherche est-elle réalisable compte tenu des ressources et des échéances prévues?

• Expertise en recherche
  • Dans quelle mesure l’expertise de l’équipe de recherche est-elle pertinente pour l’atteinte des objectifs de recherche?
  • Dans quelle mesure le projet permettra-t-il de réunir l’expertise de disciplines complémentaires?

• Contexte de la recherche
  • Dans quelle mesure les installations et le matériel disponibles conviennent-ils?

Avantages

• Résultats attendus
  • Dans quelle mesure les candidats ont-ils cerné les résultats attendus pertinents en ce qui concerne leur application pratique éventuelle pour le milieu de la recherche?
  • Quelle est la probabilité que les résultats attendus soient atteints d’ici la fin de la période de financement?

• Avantages prévus
  • Quelle est l’importance des avantages prévus dans la proposition pour le milieu de la génomique?
  • Quelle est la probabilité que le milieu de la recherche profite des avantages dans un court délai après la fin du projet?
  • Quelle est la possibilité que l’initiative favorise l’excellence en matière de formation de PHQ?

• Stratégie pour obtenir les avantages
  • Dans quelle mesure le plan prévu pour accéder aux outils et aux méthodes élaborés et pour les diffuser est-il pertinent?
  • Quelle est la qualité du plan qui décrit comment les résultats attendus de la recherche seront transférés, diffusés, utilisés ou appliqués pour apporter des avantages?
  • Dans quelle mesure est-il possible que les travaux aient une incidence sur le milieu ou que les livrables soient adoptés par le milieu, indépendamment du type du plan de diffusion proposé?

• Expertise favorisant l’obtention des avantages
  • Dans quelle mesure les utilisateurs finaux qui participent au projet et la stratégie favoriseront–ils l’obtention des avantages?

Gestion et finances

• Plans de gestion et expertise
  • Dans quelle mesure le plan de gestion traite-t-il de la gouvernance du projet, des responsabilités du personnel et des processus décisionnels sur l’orientation de la recherche et la stratégie pour obtenir les avantages?
  • Dans quelle mesure le plan de gestion est-il convaincant en ce qui a trait à la coordination des partenariats actuels et futurs?
  • Dans quelle mesure l’échéancier du projet est-il réaliste?
  • Dans quelle mesure les chefs du projet ont-ils une expérience de la gestion de projets avec des équipes multidisciplinaires comportant des travaux de recherche et l’application des résultats?
  • Dans quelle mesure les plans visant à assurer que, grâce au recrutement ou à la formation, un nombre adéquat de PHQ – tant du personnel de soutien (p. ex., des techniciens) que des stagiaires (p. ex., des stagiaires postdoctoraux) – sont disponibles pour répondre aux besoins de la recherche proposée?

• Budget et contrôle des dépenses
  • Dans quelle mesure le budget proposé est-il raisonnable sur le plan de l’effort et des résultats attendus?
  • Dans quelle mesure la proposition garantit-elle que les dépenses faites dans le cadre d’un projet appuyé seront étroitement et strictement surveillées?

Dans le cas des propositions qui comportent une demande de financement d’infrastructure à la FCI, il faudra également tenir compte des critères suivants :

• Dans quelle mesure l’infrastructure est-elle nécessaire et pertinente pour réaliser les programmes de recherche ou de développement de la technologie?
• Dans quelle mesure l’utilisation de l’infrastructure sera-t-elle maximisée dans les établissements et les secteurs (privé, public et sans but lucratif)?
• Dans quelle mesure l’infrastructure proposée sera-t-elle efficacement gérée, exploitée et entretenue pendant sa durée de vie utile?

Rapports

Les titulaires de cette subvention devront présenter régulièrement des rapports. Chaque année, un comité d’examen scientifique évaluera la progression scientifique et donnera de l’information concernant la progression du projet en fonction des échéances proposées. Ce comité pourra aussi donner des avis à l’équipe du projet s’il pense qu’il faut modifier des étapes ou l’orientation du projet. Le CRSNG, Génome Canada et les IRSC utiliseront le rapport de ce comité pour déterminer s’ils poursuivront, réduiront ou cesseront le financement du projet.

En outre, tous les partenaires de financement examineront chaque année les rapports financiers.

Les renseignements particuliers concernant le format, l’horaire de présentation et les autres renseignements à fournir seront donnés au moment de l’octroi de la subvention.

Personne–ressource

Dave Bowen
Initiative Frontières de la découverte
350, rue Albert
Ottawa (Ontario)  K1A 1H5

Courriel : dave.bowen@nserc-crsng.gc.ca
Téléphone : 613-992-1482

¹ Dans le présent document, le terme « génomique » est défini comme étant l’étude approfondie, au moyen de technologies à haut rendement, de l’information génétique d’une cellule ou d’un organisme, y compris la fonction de gènes spécifiques, de leurs interactions, ainsi que de l’activation et de la suppression de gènes. Dans le cadre du mandat de Génome Canada, il englobe aussi des disciplines connexes comme la bio-informatique, l’épigénomique, la métabolomique, la métagénomique, la nutrigénomique, la pharmacogénomique, la protéomique et la transcriptomique.